青少年运动促进健康研究院主要围绕以下四个研究方向进行近期以及中长期的科学研究、人才培养、学术交流、决策咨询服务、数据库建设、期刊建设、文化传承交流等方面开展建设。
方向一：青少年运动促进健康基础理论与战略研究。本研究方向主要侧重于两个方面：一是从哲学、教育学、体育学、社会学、历史学、健康教育学、运动生理生化、流行病学等学科角度来探讨青少年运动促进健康的内在本质，提出中国青少年运动促进健康的顶层设计与框架体系；二是在紧密跟踪国外发达国家有关青少年运动促进健康的政策文件和有影响力研究成果的基础上，结合中国的实际，承担各级政府部门有关青少年运动促进健康方面的发展规划、政策文件、前瞻性战略性研究报告等的撰写工作，充分发挥咨政服务的功能。
方向二：青少年体育课堂教学促进健康研究。体育课堂教学是提升青少年健康水平的主渠道，本研究方向基于主持研制的国家《体育与健康课程标准》，积极探索体育课堂教学的新模式、新方法与新体系：一是构建基于《课程标准》的健康体育课程模式、体能教育课程模式、运动教育课程模式等，并基于这些课程模式开发优质的体育课程；二是探索提高我国青少年身心健康水平体育课堂教学方法关键要素与干预手段，打造中国体育课堂教学新形态，并验证运动促进健康的效果；三是研究SOFIT、SOPARC、ALT-PE等新型体育课堂教学评价系统，充分发挥评价在课堂教学促进青少年健康方面的激励与反馈功能。
方向三：青少年课外与校外体育活动促进健康研究。在课外体育活动方面，将积极探索文化课中微运动(Brain break)、“活力校园(Active School) ”、教职员工运动健康等大型行动计划对青少年健康促进的机制和效果；在校外体育活动方面，将研究侧重于家庭参与的亲子类运动、社区体育运动，基于教师—学生—家长一体化管理的身体活动干预监管平台等对青少年健康促进的机制和效果。此外。还将利用“云技术”和“大数据”，开发了青少年健康促进的多元运动智能监测平台，对青少年的运动情况进行实时的科学监控。
方向四：青少年体质健康测评新方法与新标准研究。当前青少年学生体质健康研究和实践领域面临的重要问题就是缺乏科学有效的测试方法和评价标准，使得无法准确了解其体质健康问题“短板”所在。本研究方向将在探索国际体质健康测试方法和评价标准的基础上，对中国青少年学生体质健康的力量、柔韧、心肺功能、耐力、灵敏等测试方法与评价标准进行重新构建，提出评价常模，从而为政府、学校对青少年学生的体质健康测试提供科学方案，以综合反映和准确评价我国青少年体质健康水平。